Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng trong lần dự Hội nghị triển khai công tác năm 2007 của Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam đã phải thốt lên rằng: “Tôi rất sốt ruột vì cảng biển Việt Nam”.Trước đó, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Nguyễn Sinh Hùng trong lần đến chúc Tết Đinh Hợi năm 2007 tại cơ quan Bộ Giao thông vận tải đã thẳng thắn nhận xét: “Chúng ta có quá nhiều cảng nhưng chưa có một cảng nào ra hồn. Yếu kém nhất trong quản lý nhà nước về giao thông bắt đầu từ tầm nhìn, từ yếu kém về quy hoạch”.

Như vậy, nguyên nhân đầu tiên dẫn đến sự tụt hậu của hệ thống cảng biển Việt Nam (tất nhiên hệ lụy của nó là lãng phí không ít tiền vốn - nguồn lực quốc gia) đã được Phó Thủ tướng Thường trực chỉ ra là: thiếu tầm nhìn, yếu kém về quy hoạch.

Có thể nói, hiện nay, chúng ta đang thiếu một chiến lược gia trong việc tham mưu cho các cơ quan Đảng, Nhà nước về quy hoạch cảng biển, vận tải biển. Theo ông Chu Quang Thứ, nguyên Quyền Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam, người khi đương chức luôn cổ động và làm hết sức mình để Chính phủ chấp thuận việc quy hoạch và đầu tư sớm cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong - Khánh Hòa đã khẳng định: “Đã đầu tư cảng biển, nếu vì lợi ích quốc gia phải có tầm nhìn 50 năm, thậm chí 100 năm, chứ không chỉ 10 năm như hiện nay”.

Theo ông, hiện nay Việt Nam chưa có những tiêu chí thông thường đáng ra cần phải có để xác định như thế nào là cảng nước sâu. Do vậy, tỉnh nào cũng gọi cảng biển ở mình là cảng nước sâu, ví dụ: cảng Cái Lân, Nghi Sơn, Vũng Áng…Cảng biển như Cái Lân chỉ có tàu 1.500 DWT vào ra làm hàng thì không thể gọi là cảng nước sâu được(?!) 

Nguyên nhân thứ hai, theo tôi, đó là tình trạng cát cứ, chia cắt. Điều này xuất phát từ tư tưởng tiểu nông, óc địa phương (chữ của Bác Hồ). Địa phương nào cũng cố gắng chạy cho được dự án cảng biển, sân bay…Ông Nguyễn Danh Tuất, nguyên Giám đốc cảng Nghệ Tĩnh nhận xét rất có lý: “Quy hoạch duyệt từ năm 1999 là vậy nhưng ông nào chạy giỏi là được. Vốn ngân sách và suy cho cùng là tiền thuế của người dân cả chứ có phải tiền của ông chủ tịch tỉnh nào đâu mà phải tính toán đến lãng phí hay hiệu quả”! Có đi các tỉnh miền Trung từ Quảng Trị vào đến tận Bình Định mới thấy một nghịch lý rằng: lãnh đạo tỉnh nào trong khu vực cũng tự nhận địa phương mình là điểm cuối của hành lang Đông - Tây (!). Do vậy, cảng biển cứ phải đầu tư là đương nhiên! 

Nguyên nhân thứ ba là chúng ta chưa có mô hình quản lý cảng biển hiệu quả. Hiện nay, hệ thống cảng biển ở Việt Nam đang chủ yếu đầu tư bằng vốn ngân sách (trong đó có vay ODA). Chỉ mấy năm gần đây, ở phía Nam mới có tư nhân đầu tư, liên doanh hoặc được đầu tư bằng FDI. Sau khi đầu tư xong, Nhà nước lại giao cho doanh nghiệp nhà nước quản lý khai thác. Bài toán đặt ra là tiền vốn đầu tư cảng biển của Nhà nước phải làm sao được thu hồi để tái đầu tư thì chúng ta chưa xử lý được. 

Nguyên nhân thứ tư, tất nhiên cũng là hệ lụy của tư tưởng tiểu nông là người Việt Nam, khó ngồi lại với nhau vì mục tiêu phát triển. Ông Trần Hữu Chiều, Phó Tổng giám đốc Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam đã nói ví von rằng: “Chúng ta đang như những củ khoai tây. Để trong rổ là một rổ khoai tây, đổ ra mỗi củ lăn một góc”. Ngay trong một tổng công ty, các doanh nghiệp vận tải biển đã khó liên kết, chứ chưa nói đến các chủ tàu Việt Nam nói chung. Đây cũng là nguyên nhân trong những nguyên nhân làm cho vận tải biển Việt Nam thua ngay trên… sân nhà.v