Đứng trước cơ hội và thách thức của việc trở thành thành viên chính thức của WTO, hệ thống cảng biển Việt Nam có nhiệm vụ phải tiếp nhận nhiều chủng loại tàu, đặc biệt là các tàu có trọng tải lớn, thông qua hầu hết khối lượng hàng hoá XNK và góp phần giảm chi phí, tăng khả năng cạnh tranh của hàng hoá Việt Nam trên trường quốc tế. Để đáp ứng yêu cầu đó, hệ thống cảng biển Việt Nam cần phải được phát triển cả vể phần “cứng” lẫn phần “mềm”, tức là phải phát triển kết cấu hạ tầng (KCHT), áp dụng mô hình quản lý tiên tiến và nâng cao năng lực khai thác cảng biển. 

Để xây dựng hệ thống cảng biển Việt Nam hiện đại, đáp ứng nhu cầu hội nhập kinh tế quốc tế (dự tính khối lượng hàng hoá XNK thông qua hệ thống cảng biển Việt Nam vào năm 2010 khoảng 200 triệu tấn và năm 2020 là 400 triệu tấn), Chính phủ đã có kế hoạch mang tính đột phá, tạo hướng mới trong việc xây dựng, khai thác tối đa tiềm năng và thế mạnh của các cảng hiện có và các cảng sẽ được nghiên cứu, phát triển trong tương lai. Cảng Hải Phòng phát triển về phía biển mà trước mắt là Đình Vũ và tiếp theo là cửa Lạch Huyện cho tàu 5 vạn tấn, đồng thời xây dựng cầu nối đảo Đình Vũ - Cát Hải. Cảng Tiên Sa - Đà Nẵng phát triển sang Liên Chiểu và các khu vực khác trong vịnh Đà Nẵng cho tàu 5 vạn tấn. Tập trung xây dựng cảng trung chuyển quốc tế container tại Vân Phong (Khánh Hoà) cho tàu 8 vạn tấn và lớn hơn. Các cảng trên sông Sài Gòn được phát triển về phía biển đến các vị trí khác trên sông Soài Rạp cho tàu đến 3 vạn tấn, sông Cái Mép - Thị Vải cho tàu đến 8 vạn tấn, dự kiến các cảng này sẽ được xây dựng xong và đưa vào khai thác sau năm 2010.

Trong tương lai, tại khu vực vịnh Ghềnh Rái và vùng biển Vũng Tàu sẽ phát triển các dự án cảng hiện đại, có vai trò quyết định trong chuỗi kinh doanh của khu vực thương mại tự do, khu kinh tế mở. Giải quyết triệt để luồng vào các cảng trên sông Hậu qua cửa Định An bằng giải pháp mở luồng tránh Quan Chánh Bố cho tàu đến 15 vạn tấn có thể ra vào. 

Theo quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam đến 2010, định hướng đến 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, bắt đầu từ năm 2000, phần lớn các dự án phát triển cảng đã được nghiên cứu và triển khai xây dựng đáp ứng tiêu chí cảng hiện đại với khu hậu phương rộng lớn và được gắn liền các khu công nghiệp, khu chế xuất… như các cảng: Cái Lân, Đình Vũ, Nghi Sơn, Vũng áng, Chân Mây, Dung Quất, Cái Mép - Thị Vải… Trong số các cảng đặc biệt quan trọng ở ba vùng kinh tế trọng điểm Bắc - Trung - Nam, thì các cảng Cái Lân, Dung Quất, Cái Mép - Thị Vải là những dự án đang được sự quan tâm đặc biệt của Nhà nước, bởi đây chính là đầu mối giao thông thủy quan trọng để thông thương với các quốc gia trên thế giới.